После того как закончился год все бухгалтерские документы должны быть подготовлены для хранения. Кассовые документы, авансовые отчеты, выписки банка с платежными поручениями и другими относящимися к ним документами должны быть подобраны в хронологическом порядке и прошиты. Так как Церковь обязана хранить всю бухгалтерскую документацию не менее 5 лет (п. 98 Положения по ведению бухгалтерского учета), а документы, подтверждающих размер заработной платы работников лет 75 лет, то необходимо иметь архив. Ответственность за организацию хранения первичных учетных документов, регистров бухгалтерского учета и бухгалтерской отчетности несет руководитель организации (п. 101 Положения по ведению бухгалтерского учета). Чем раньше будет решен об организации архива Церкви, тем легче будет в дальнейшем поиск документов для решения многих вопросов связанных с деятельностью Церкви.
Следует иметь ввиду, что первичные учетные документы могут быть изъяты только органами дознания, предварительного следствия и прокуратуры, судами, налоговыми инспекциями и налоговой полицией на основании их постановлений в соответствии с законодательством (п. 100 Положения по ведению бухгалтерского учета). Постановление об изъятии должно содержать четкий перечень изымаемых документов и причину изъятия. Главный бухгалтер или другое должностное лицо организации вправе с разрешения и в присутствии представителей органов, проводящих изъятие документов, снять с них копии с указанием основания и даты изъятия.
