1. Религиозные организации обязаны ежегодно информировать соответствующие регистрационные органы о продолжении своей деятельности. Это положение закреплено в ч. 9 ст. 8 Федерального закона «О свободе совести и о религиозных объединениях». Согласно этой же статье религиозные организации обязаны информировать регистрирующий орган о смене руководителя и изменении некоторых других сведений, которые отображаются в едином государственном реестре юридических лиц в течение трех дней с момента внесения изменений. Неоднократное непредставление религиозной организацией в установленный срок обновленных сведений, необходимых для внесения изменений в единый государственный реестр юридических лиц, является основанием для обращения органа, принявшего решение о государственной регистрации религиозной организации, в суд с требованием о признании данной организации прекратившей свою деятельность в качестве юридического лица и об исключении ее из единого государственного реестра юридических лиц.
2. Местные и централизованные религиозные организации обязаны ежегодно не позднее 15 апреля текущего года предоставлять в соответствующий регистрирующий орган отчетность по форме ОР0001, утвержденной Постановлением Правительства РФ № 213 от 10 апреля 2007 года. Это отчет о деятельности религиозной организации, в который включаются сведения о руководителе и составе руководящих органов религиозной организации, о расходовании религиозной организацией денежных средств и использовании иного имущества, в том числе полученных от международных и иностранных организаций, иностранных граждан и лиц без гражданства. За нарушение срока подачи или неподачу отчетности может быть вынесено предупреждение или составлен акт на руководителя организации об административном нарушении и привлечении к ответственности в виде штрафа.
3. Территориальные органы Федеральной регистрационной службы имеют право осуществлять контроль за соблюдением религиозной организацией устава относительно целей и порядка ее деятельности (ч. 2 ст. 25 ФЗ «О свободе совести и о религиозных организациях»). Плановые проверки могут проводиться не чаще одного раза в год. Срок проведения проверки не может превышать 30 дней, а проверяемый период не должен превышать 3 лет, непосредственно предшествовавших году проведения проверки. Порядок проведения проверок регулируется приказом Министерства юстиции РФ от 22 июня 2006 года № 222. С полным содержанием приказа можно ознакомиться в разделе нормативные документы.