Основными направлениями деятельности в соответствии с которыми являются:
Представление интересов Союза во всех властных структурах;
Содействие созданию и укреплению межконфессиональных и межрелигиозных связей с церквями, придерживающимися евангельско-баптистского учения, в России, ближнем и дальнем зарубежье;
Осуществление информационного обмена с евангельскими церквями, находящимися на территории Российской Федерации и за её пределами;
Осуществление информационного обмена с церквями и религиозными объединениями других конфессий, религиозными и светскими международными организациями;
Организация проведения массовых мероприятий, пресс-конференций, журналистских брифингов и различных выставок по внутрицерковным вопросам, для созидания доверия и понимания внутри российского общества;
Координация юридической работы;
Осуществление юридической защиты гражданских и имущественных прав и интересов Союза.